Bireysel emeklilik sisteminde katılımcının uzun süre sistemde kalmasını teşvik etmek üzere birikimlerin ve devlet katkılarının getirileri üzerinden alınacak stopaj oranları da kalış sürelerine bağlı olarak farklılaştırılmıştır. Katılımcı sistemde kaldığı sürece fon alım-satımlarında stopaj ödemez. Sistemden ayrılmak istediğinde, emeklilik hakkı kullanılırken, maluliyet veya vefat nedeniyle sistemden çıkışlarda kendi birikiminin ve devlet katkılarının getirisi üzerinden stopaj hesaplanır. Bu hesaplama yapılırken getirinin hangi fonlardan elde edildiğinin bir önemi yoktur.
Sistemde kalış sürelerine göre hesaplanan stopaj oranları;
-Sistemde 10 yılı ve 56 yaşını bitirmeyenler sistemden ayrılmak istediğinde devlet katkıları ve kendi birikimlerinin getirileri üzerinden %15 stopaj kesintisine tabi tutulur.
-Sistemde 10 yılı tamamlayan ancak 56 yaşını bitirmediğinden ya da 56 yaşını bitirip 10 yılı tamamlamadığından emeklilik hakkı kazanamayanlar sistemden ayrılmak istediğinde birikimleri ve devlet katkılarının getirileri üzerinden %10 stopaja tabi tabidir.
-Sistemde 10 yılı tamamlayarak aynı anda 56 yaşını bitirenler; emeklilik hakkını kullanmak istediklerinde veya vefat ve maluliyet durumlarında, birikimler ve devlet katkılarının getirileri üzerinden %5 stopaj kesintisi yapılır.